Die Stadt wurde 1630 von englischen Puritanern auf einer Halbinsel gegründet, die von den indianischen Ureinwohnern Shawmut genannt wurde. Damals war die von der Massachusetts Bay umgebene Halbinsel nur durch eine sehr schmale Landverbindung mit dem Festland verbunden. Die englischen Siedler gaben der jungen Stadt zunächst den Namen Trimountain. Erst später wurde sie in Boston umbenannt. Der Name geht zurück auf eine Stadt gleichen Namens in Lincolnshire, England, aus der einige der Puritaner stammten. Der erste Gouverneur der puritanischen 'Massachusetts Bay Colony', John Winthrop, hielt in der jungen Stadt eine als 'City upon the Hill' berühmt gewordene Predigt, in der er zum Ausdruck brachte, dass die Puritaner sich in einem besonderen Vertrag mit Gott verbunden wussten. Die puritanischen Werte, insbesondere Arbeit, Bildung und Gottesfürchtigkeit stabilisierten die Gesellschaft in hohem Maße und sind auch noch heute Bestandteil des gesellschaftlichen Leitbildes in Boston und Neuengland. So wurde bereits 1635, wenige Jahre nach der Siedlungsgründung, eine erste Lateinschule und 1636 die Harvard University, die erste Universität Amerikas gegründet.