Der amtierende Bürgermeister der Stadt ist seit 2003 Luis Juez von der Regionalpartei Partido Nuevo, einer Abspaltung der peronistischen Partido Justicialista, die sich als Oppositionsplattform zur traditionellen Führung des PJ gegründet hatte. Das PN ist der Stadt Córdoba seit ihrem ersten Antritt zu Wahlen 2003 stärkste politische Kraft, in der Provinz Córdoba befindet sie sich jedoch in der Opposition und hat in vielen Regionen nur untergeordnete Bedeutung. Zweitstärkste Kraft ist die PJ selbst, gefolgt von der Unión Cívica Radical, die seit 2005 in Stadt und Provinz mit der gemäßigt sozialistischen Partei Partido Socialista eine Allianz bildet.
Seit der Wahl von Juez zum Bürgermeister besteht zwischen Stadt- und Provinzregierung ein politischer Konflikt, der zum großen Teil sehr polemisch von den Hauptprotagonisten, Juez selbst und dem peronistischen Gouverneur José Manuel de la Sota ausgetragen wird und der Stadt insofern auch Nachteile gebracht hat, da die Provinzregierung als Folge nach Meinung der PN-Anhänger in ihrem Haushalt und der Kreditvergabe die Gemeinden des Landesinneren bevorzugt. De la Sota erwägte als weitere Konsequenz im Jahr 2005, die Provinzhauptstadt von Córdoba ins nahe Alta Gracia, eine Stadt mit etwas mehr als 40.000 Einwohnern, zu verlegen.