Das bedeutendste Kunstmuseum ist das Museo Provincial de Bellas Artes Emilio E. Carrafa mit wechselnden Ausstellungen. Das sehenswerte, neobarocke Gebäude liegt im Stadtviertel Nueva Córdoba an der Plaza España. Hier war 2005 eine der drei Versionen des Experimentellen Hauses des japanischen Architekten Hiroshi Hara ausgestellt, ein Versuch, günstige Baumaterialien mit moderner Ästhetik zu verbinden.
Wegen des Erbes der Jesuiten sind die Museen für religiöse Kunst der Stadt bedeutend, vor allem das Ekklesiastische Museum Déan Funes und das Museum der Religionskunst Juan de Tejeda. Weiterhin bedeutend ist das im Zentrum gelegene Museo Municipal de Bellas Artes Dr. Genaro Pérez, und das Museum Obispo Salguero, in dem Kunst und historische Dokumente zu besichtigen sind. Zu erwähnen sind außerdem das Theater- und Musikmuseum Cristóbal de Aguilar im Theater El Libertador und das Zentrum für zeitgenössische Kunst Chateau Carreras im Parque San Martín im Westen der Stadt.
Weniger bekannt als die Kunstmuseen sind die naturwissenschaftlichen Museen. Das bedeutendste ist das Paläontologische Museum der Universität von Córdoba, dessen Sammlung unter anderem das Fossil der weltweit größten Spinne der Vorgeschichte enthält, weiterhin erwähnenswert sind das Anatomiemuseum Dr. Pedro Ara und das Naturwissenschaftliche Museum Dr. Bartolomé Mitre im Stadtviertel Nueva Córdoba, das geologische, paläontologische und zoologische Fundstücke aus der Region bietet. In Córdoba liegt außerdem das bedeutendste Museum Argentiniens für Meteorologie, das Nationale Museum der Meteorologie Dr. Benjamin Gould.
Wegen der industriellen Vergangenheit und Gegenwart der Stadt gibt es mehrere technische Museen in der Stadt. Im Südwesten der Stadt (Barrio Santa Isabel) liegt das Automobilmuseum im Industriekomplex CIADEA. Das Industriemuseum liegt im Parque General Paz und beherbergt neben diversen Fahrzeugen und Maschinen auch das erste drehbare Haus Amerikas (erbaut 1951), das bis 2004 im Viertel Nueva Córdoba stand und von dort aus mit einem Spezial-Lastwagen ins etwa 4 km entfernte Museum transportiert wurde, um einem Hochhausbau Platz zu machen.
Einige historische Museen geben Aufschluss über die Vergangenheit der Stadt, der Schwerpunkt liegt dabei in der Kolonialzeit. Es gibt zwei bekannte historische Museen: das Historische Museum Marqués de Sobremonte, und das Museum Obispo Fray José Antonio de San Alberto in der Manzana de los Jesuitas. Für Numismatiker interessant sind das Bankmuseum der Provinzbank (Museo Banco de la Provincia de Córdoba) und das Numismatische Museum der Nationalbank, das Münzsammlungen ausstellt.
Das Museo de la Ciudad im Cabildo hat wechselnde Ausstellungen zu verschiedenen Themen wie Musik, Geschichte, Kunst und Kultur in Córdoba und Argentinien allgemein. Weiterhin gibt es im Ausstellungszentrum José Malanca, im Ausstellungszentrum Obispo Mercadillo und im Kulturmuseum General Paz im gleichnamigen Stadtviertel wechselnde Ausstellungen zu verschiedenen Themen. Ein weiteres Ausstellungszentrum ist der zur staatlichen Universität UNC gehörende Pabellón Argentina.