Bereits im 11. Jahrhundert gab es in der Umgebung des heutigen Binnenhofes ein Dorf, in welchem die Grafen von Holland ein Gebäude besaßen, das sie bewohnten oder in dem sie nur auf der Durchreise übernachteten. Im Jahr 1248 ließ Graf Wilhelm II. von Holland ein Schloss bauen. Dieser Graf, der Kaiser des Heiligen Römischen Reiches werden wollte, starb jedoch bevor das Schloss fertig war. Sein Sohn, Floris V., ließ diese Arbeiten zu Ende führen. Unter anderem entstand zu dieser Zeit der Rittersaal, wo jetzt immer noch am Prinsjesdag, dem 3. Dienstag im September, die Königin mit der Verlesung der Thronrede das parlamentarische Sitzungsjahr offiziell eröffnet. Ab dem 14. Jahrhundert war Die Haghe bereits die Residenz der Grafen von Holland. Haag war bis zum 17. Jahrhundert nur mit Erdwällen und seichten Gräben befestigt, es erhielt nie das formale Stadtrecht. Dennoch hatte die Bevölkerung einige Privilegien, unter anderem auf dem Gebiet der Steuern. Im Jahr 1560 bekam es ein kleines Rathaus, außerdem wurde eine steinerne Stadtbefestigung genehmigt. Diese wurde jedoch nicht rechtzeitig fertiggestellt, um die Bevölkerung vor den Bedrohungen des Achtzigjährigen Krieges zu schützen. Den Haag wurde in dieser Epoche mehrere Male geplündert und niedergebrannt.
Nach 1648 wurde Den Haag Residenz der Statthalter der Republik der Sieben Vereinigten Niederlande. Eine Periode großen Wohlstands brach nun an. Johann Moritz von Nassau ließ das Mauritshuis (jetzt Museum) bauen; für die Hofhaltung, die Regierungsmitglieder und ausländische Staatsvertreter wurden großartige, sehr vornehme Häuser errichtet. Von diesen Häusern sind viele zwischen 1750 und 1900 erbaute Exemplare noch überall in der Innenstadt zu finden. Ein Vorteil dabei war die Tatsache, dass Den Haag keine ummauerte Festungsstadt war, und dem Neubau dadurch keine Beschränkungen gestellt waren. König Ludwig Bonaparte erklärte Den Haag 1806 offiziell zur Stadt. Im 20. Jahrhundert kamen viele Wohnungen für Beamte und einfachere Leute hinzu, darunter das jetzt als „problematisch“ geltende Malerquartier (Schilderswijk).
Die Stadt war über 300 Jahre von Kriegsgewalt verschont geblieben, als am Anfang des Zweiten Weltkrieges, am 10. Mai 1940, deutsche Fallschirmjäger die Stadt angriffen. Ihre Aufgabe war es, das niederländische Regierungszentrum „blitzartig“ einzunehmen. Dieses Vorhaben scheiterte an der dort (ausnahmsweise) ausreichenden Militärverteidigung der Niederlande. Erst nach der Kapitulation am 15. Mai marschierte die deutsche Wehrmacht in Den Haag ein. Der von Adolf Hitler zum Reichskommissar für die besetzten niederländischen Gebiete ernannte Arthur Seyß-Inquart wurde bald darauf im Rittersaal installiert. Das Gefängnis im Stadtteil Scheveningen diente zur Inhaftierung von politischen Gegnern, u.a. Widerstandskämpfern. Es erhielt von jenen den Beinamen: Oranje-Hotel. Am 3. März 1945 wollten britische Bomber einen Luftangriff gegen V2-Abschussrampen in Den Haag ausführen. Durch einen mutmaßlichen Navigationsfehler trafen die Bomben aber das Wohnviertel Bezuidenhout. Dabei kamen etwa 500 Menschen ums Leben, 3000 Häuser wurden zerstört.
Am 13. September 1974 stürmten Mitglieder der marxistisch-leninistischen Terrorgruppe Japanische Rote Armee die französische Botschaft in der Stadt und nahmen den Botschafter und zehn weitere gefangen. Bei dem Überfall wurde die Polizistin Hanke Remmerswaal in den Rücken geschossen. Nach Zahlung eines Lösegeldes in Höhe von 300.000 US-Dollar und der Gewähr von freiem Geleit zu einem Flugzeug wurden die Geiseln freigelassen.
In den 1970er und 1980er Jahren wurden Teile der Stadt tiefgreifend modernisiert. Auch nach 1990 wurden zum Teil sehr auffällige Neubauten errichtet, darunter einige Ministerienbüros in der Nähe des Hauptbahnhofes.