Der geologische Aufbau der Insel Java, auf der Jakarta liegt, ist hauptsächlich durch das vulkanische Material bestimmt. Nur ein geringer Teil der Fläche besteht aus älteren Gesteinen, mehr als zwei Drittel sind von vulkanischen Ablagerungen bedeckt: Aschen, Tuffen und Lava jüngerer und älterer Ausbrüche. Der übrige Teil besteht aus tertiären Sedimenten.
Die Insel liegt an der Stelle des Sunda-Bogens, wo die Zertrümmerung der Erdkruste am intensivsten, der alte Untergrund am meisten zerstört war und heute zum großen Teil unter den Meeresspiegel der Javasee versenkt ist. Auch gegenwärtig sind noch zahlreiche Vulkane tätig. Ihre Aschen werden weit über das Land verweht und bilden eine stetig wirksame mineralische Düngung. Entweder ist direkter Aschenfall zu verzeichnen, oder die vulkanischen Lockermassen werden durch die Flüsse verfrachtet und abgelagert.