Die Stadt befindet sich in der tropischen Klimazone. Die Jahresdurchschnittstemperatur beträgt 26,2 °C, die jährliche Niederschlagsmenge 1.770 Millimeter im Mittel.
Die Tageshöchsttemperaturen betragen in Jakarta zwischen 30 °C und 33 °C. Auch die Tagesdurchschnittstemperaturen liegen ganzjährig zwischen 25,6 und 26,7 °C, wobei die höchste Temperature im Oktober bei 26,7 °C und die niedrigste im Februar bei 25,6 °C im langjährigen Mittel liegen.
Hauptregenzeit ist zwischen Dezember und März. Der meiste Niederschlag fällt im Februar mit etwa 312 Millimeter, der wenigste im August mit 40 Millimetern im Jahresmittel. Aufgrund des hohen Niederschlags und der Luftverschmutzung ist es in Jakarta überwiegend dunstig.