Das Mündungsgebiet des Ciliwung-Flusses, an dem Jakarta liegt, ist schon seit Jahrtausenden besiedelt. Seit Ende des 12. Jahrhunderts regierte dort die westjavanische Hindu-Dynastie Pajajaran, die sich dauerhaft gegenüber dem weite Teile der Malaiischen Halbinsel, Sumatras und Borneos beherrschenden Hindu-Imperium Majapahit seine Unabhängigkeit bewahren konnte und sich zu einem hervorragend organisierten und durch den Pfefferhandel blühenden Staatswesen entwickelt hatte. Hauptstadt von Pajajaran war Pakuwan, in der Nähe des heutigen Bogor, 60 Kilometer südlich von Jakarta, gelegen.
Ende des 15. Jahrhunderts entstand an der Mündung des Ciliwung-Flusses der Haupthafen des Pajajaran-Reiches. Damals hieß die Stadt Sunda Kelapa. Die Portugiesen landeten dort 1522, um mit dem Einverständnis des Hindu-Herrschers ein Fort zum Schutz des Hafens für den Gewürzhandel zu errichten. Der islamische Prinz Fatahillah aus dem Königreich Demak zerstörte mit seinen Truppen am 22. Juni 1527 die Stadt und errichtete an gleicher Stelle Jayakarta (Großer Sieg), in Anspielung an den doppelten Sieg über die Streitkräfte der Portugiesen und des Königreiches Pajajaran.