Der spätere Präsident des Landes Achmed Sukarno verkündete in Batavia 1945 die nationale Philosophie „Pancasila“ und erklärte zusammen mit Mohammed Hatta (1902–1980) am 17. August 1945 die Unabhängigkeit Indonesiens. Die Stadt wurde in Jakarta umbenannt und im Jahre 1950 Hauptstadt der erst ein Jahr alten Republik Indonesien. An den früheren Namen erinnert das nach wie vor gültige Autokennzeichen „B“. Die gegenwärtige Schreibweise gilt seit dem Jahre 1972 und wurde im Verlauf einer allgemeinen Rechtschreibreform angenommen.
Ende der 1940er Jahre überschritt die Stadt die Einwohnerzahl von einer Million, 15 Jahre später waren es schon 4,5 Millionen. Slums breiteten sich aus, gleichzeitig ließ Präsident Sukarno trotz ökonomischer Probleme kolossale Denkmäler, prachtvolle Boulevards und Prestigebauten errichten. Der 1967 an die Macht gekommene Hadji Mohamed Suharto setzte diese Politik überwiegend fort.
Im Mai 1998 kam es in Jakarta und im ganzen Land zu den schwersten Unruhen seit dem missglückten kommunistischen Putschversuch im Jahre 1965, und stürzten das Land zum Teil in Chaos und Anarchie. Angehörige der Spezialeinheit KOPASSUS entführten und töteten mehrere Anhänger der Demokratiebewegung in der Stadt und lösten somit die Unruhen aus. Zehntausende Menschen zogen plündernd durch die Straßen, zündeten Häuser und Autos an, zahlreiche chinesische Frauen wurden vergewaltigt. Die Zahl der Opfer wird auf mehr als 160 Frauen geschätzt. Am 21. Mai 1998 trat Suharto als Präsident des Landes zurück.
Am 13. September 2000 detonierte in einer Tiefgarage der Börse in Jakarta eine Autobombe und löste einen Brand aus. 15 Menschen wurden getötet und 27 verletzt. Die Polizei nimmt an, dass die Täter aus dem Umfeld von Suharto kommen und der Anschlag das Ziel hatte das Korruptionsverfahren gegen den früheren Präsidenten zu stören. Da sich in dem Gebäude ein Büro der Weltbank befand, wird aber auch internationaler Terrorismus nicht ausgeschlossen.
Bei einem Sprengstoffanschlag auf das JW Marriott Hotel am 5. August 2003 starben zwölf Menschen. Es gab ungefähr 150 Verletzte. Die Polizei vermutet einen Selbstmordattentäter der Islamistengruppe Jemaah Islamiyah hinter dem Anschlag. Mehrere Verdächtige wurden nur Tage später festgenommen. Die australische Botschaft war ein Jahr später, am 9. September 2004, Schauplatz eines Terroranschlages, bei dem insgesamt elf Menschen ihr Leben verloren, den Selbstmordattentäter mitgerechnet, und etwa 160 Menschen verletzt wurden. Auch hier war nach verschiedenen Angaben die Gruppe Jemaah Islamiyah verantwortlich.
Schwere Regenfälle führten Anfang Februar 2007 zu Überschwemmungen in Jakarta. Dreiviertel der Millionenstadt stehen unter Wasser, Hunderttausende Menschen wurden obdachlos und bis zum 5. Februar wurden schon 25 Todesopfer gezählt. Damit übertrifft das Hochwasser die Flutkatastrophe von 2002, bei der 21 Menschen starben und mehr als 300.000 obdachlos wurden.[1]