Gouverneur von Jakarta ist seit 1998 Jenderal Sutiyoso von den Heeresstreitkräften (Tentara Nasional Indonesia Angkatan Darat, TNI AD). Er wurde 2003 von den Parlamentsabgeordneten für eine zweite Amtszeit wiedergewählt. Nachdem das indonesische Parlament 2004 das neue Gesetz für die Provinzregierungen ratifizierte, wird der Gouverneur von Jakarta 2008 erstmals direkt vom Volk gewählt.
Folgende Gouverneure (bis 1960 Bürgermeister) regierten Jakarta: Suwiryo (1945-1951), Syamsurizal (1951-1953), Sudiro (1953-1960), Soemarno (1960-1964), Henk Ngantung (1964-1965), Soemarno (1965-1966), Ali Sadikin (1966-1977), Tjokropranolo (1977-1982), Soeprapto (1982-1987), Wiyogo Atmodarminto (1987-1992), Soerjadi Soedirdja (1992-1997) und Jenderal Sutiyoso (1998-2008).