86 Prozent der Einwohner Jakartas sind Muslime. Praktisch alle gehören der sunnitschen Richtung an. Es gibt in Jakarta insgesamt nur einige hundert Schiiten. Viele Bewohner praktizeren eine synkretische Form des Islam. Anhänger dieser Form nennen sich selbst Abangan.
Zehn Prozent der Bewohner sind Christen: 6,5 Prozent gehören der evangelischen Kirche und 3,5 Prozent der römisch-katholischen Kirche an. Die christliche Kirche in Jakarta ist jung, da das Christentum erst im 17. Jahrhundert (durch niederländische und portugiesische Missionare) Fuß fasste.
Weitere vier Prozent der Einwohner sind Hindus und Buddhisten (meist Angehörige der chinesischen Minderheit).