Nach einer im Jahre 1522 durch ein Erdbeben verursachten Teilzerstörung der Stadt wurden viele Bauwerke restauriert oder durch neue ersetzt.
Die Saadier, eine arabische Familie, die sich in Südmarokko im Draa-Tal niedergelassen hatte und von da aus im 16. Jahrhundert das Land eroberte, nahmen 1554 die Stadt ein, machten aber Marrakesch zu ihrer Hauptstadt. 1626 verloren die Saadier die Stadt an die Dila-Bruderschaft.
Am Anfang der Alawiten-Dynastie (Ende des 17. Jahrhunderts) richtete Mulai Ismail seine neue Hauptstadt in Meknes ein. Er siedelte in Fès einen Teil der Sippe der Udaia an, die ihm in seinem Machtkampf geholfen hatte. Nach seinem Tod (1727) revoltierten die Udaia, sie wurden aber erst 1833 durch Abd er Rahman aus der Stadt vertrieben. Mulai Abdallah, Nachfolger von Mulai Ismail, machte Fès zu seiner Residenz und ließ Moscheen, Madrasas, Brücken und Straßen erneuern bzw. neu bauen, die Straßen von Fès Djedid wurden gepflastert.