1895 proklamierte die Stadt Guayaquil Eloy Alfaro, der sich ebenfalls infolge des Bürgerkriegs von 1883/84, in dem er in der Provinz Manabí als Staatsoberhaupt ausgerufen worden war, im Exil befand, als Obersten Befehlshaber des Landes. Alfaro kehrte daraufhin aus Panama nach Ecuador zurück und zog von der Küste aus mit Truppen in die Andenregion. Es gelang ihm, die reguläre Regierung von Präsident Luis Cordero zu stürzen. Da er daraufhin den Einfluss von Kirche und Klerus stark beschnitt und die Bestrebungen vor allem des Bürgertums der Küstenstädte hin zu einer exportorientierten kapitalistischen Wirtschaftspolitik unterstützte, ging die Machtübernahme Alfaros als Liberale Revolution in die Geschichte Ecuadors ein.
Im Kontext einer steigenden Weltnachfrage unterstützte die Politik Alfaros den zweiten Kakaoboom, der seit Ende des 19. Jahrhunderts die wirtschaftliche Aktivität in Guayaquil an Dynamik gewinnen ließ. Es entwickelte sich eine neue Klasse von Agrarexporteuren, die sich europäisch ausrichteten und mit ihrem Reichtum das Stadtbild prägten. Guayaquil gewann in dieser Zeit seinen Ruf als "Perle des Pazifik".
1896 legte eine Feuersbrunst die seinerzeit größtenteils aus Holz- und Bambusbauten bestehende Stadt beinahe zur Hälfte in Asche. Der Wiederaufbau in Stein machte zwar das koloniale Erbe und die Häuser der Exportbourgoisie weitgehend zunichte, bedeutete aber einen großen Schritt in die Moderne und verlieh der Stadt mit zum Teil eleganten Zementbauten erstmals Großstadtflair.