Guayaquil ist die wichtigste Hafenstadt Ecuadors, seit dem 19. Jahrhundert ist sie Anlaufziel internationaler Frachter, die die Hauptexportgüter des Landes, Bananen, Kakao und Kaffee, heute auch Shrimps (Garnelen) in alle Welt transportieren. Das ecuadorianische Erdöl wird hingegen kaum über Guayaquil exportiert. Früher legten die Schiffe direkt am Hafendamm, dem Malecón, auf Höhe des Stadtzentrums an. Seit 1963 befindet sich ein moderner Hafen etwa zehn Kilometer südlich davon.
Neben dem Im- und Exporthandel ist Guayaquil auch ein bedeutendes Finanzzentrum Ecuadors, das allerdings in den letzten zehn Jahren durch den Zusammenbruch zweier Großbanken gelitten hat. Ein wichtiger Industriezweig ist die Fischverarbeitung, insbesondere die Herstellung von Fischmehl und Thunfischkonserven im zum Kanton gehörenden Posorja. Daneben existieren größere Anlagen von Lebensmittel- und Getränkeherstellern und weiteren Industrien für den heimischen Bedarf.
Die längste Brücke Ecuadors, die "Brücke der Nationalen Einheit", die offiziell Puente Rafael Mendoza Avilés heißt, spannt sich von Guayaquil über den Guayas bzw. Daule und Babahoyo hin zur auf der anderen Seite gelegenen Stadt Durán. Sie ist insgesamt 2.825 m lang, 1.032 m von Guayaquil bis zur kleinen, den Fluss Daule vom Babahoyo trennenden Halbinsel La Puntilla und 1.793 m von dieser nach Durán. Von Durán führen die bedeutendsten Straßen nach Riobamba und Santo Domingo de los Colorados, die Guayaquil mit der Sierra, den ecuadorianischen Anden, verbinden.
Bis vor einigen Jahren fuhren (seit 1908) vom Bahnhof in Durán auch die täglichen Züge nach Quito ab, die aber derzeit nicht mehr oder nur noch zu Tourismuszwecken verkehren. Seit 1963 besitzt Guayaquil einen Flughafen, der nach umfassenden Umbauten 2006 als Aeropuerto José Joaquín de Olmedo neu eröffnet wurde, und seit 1984 ein modernes Busterminal, das den alten Bahnhof in seiner Bedeutung verdrängt hat.
Guayaquil ist der Sitz zahlreicher Universitäten, darunter der staatlichen Universidad de Guayaquil, der kirchlichen Universidad Católica und verschiedener Hochschulen in privater Trägerschaft, u. a. der Escuela Superior Politécnica del Litoral (ESPOL) und der Universidad Laica Vicente Rocafuerte.