Hamburg ist seit der Reformation eine evangelisch-lutherisch geprägte Stadt. In den vergangenen Jahren verliert jedoch die evangelische Kirche kontinuierlich Mitglieder, während die katholische Kirche ihre Mitgliederzahlen halten kann.
42,3 % der Bevölkerung gehören den beiden christlichen Religionsgemeinschaften an. Rund 57,7 % sind konfessionslos. (lt. Statistik der EKD, Stand Dezember 2004)[3]). Durch seine Stellung als wichtige Hafenstadt war es aber schon lange offen für andere Konfessionen. So entstand hier zum Beispiel 1834 die erste deutsche Baptistengemeinde. Auch für die Apostolischen Gemeinschaften ist die Hansestadt ein wichtiger Ort. Von hier aus erfolgte die Trennung der Allgemeinen Christlichen Apostolischen Mission von den Katholisch-Apostolischen Gemeinden und die Entwicklung zur Neuapostolischen Kirche. Hamburg ist außerdem seit 1995 Sitz des römisch-katholischen Erzbistums Hamburg mit seinem Zentrum in der Domkirche St. Marien. Ende 2004 lag der Anteil der römisch-katholischen Bürger bei 10,1 %[3]. Darüber hinaus gibt es seit den 1960er-Jahren einen bedeutenden Anteil an muslimischer Bevölkerung, sowie eine aufblühende jüdische Gemeinde. Am 22. Juni 1957 wurde in Stellingen die erste Moschee Deutschlands nach dem zweiten Weltkrieg von der Ahmadiyya-Muslim-Gemeinde eröffnet. Hamburg ist auch der Geburtsort der Jesus Freaks und mit der Flussschifferkirche im Stadtteil Rothenburgsort auch Liegeplatz der einzigen schwimmenden Kirche Deutschlands.