Hamburg ist unter anderem Sitz des Internationalen Seegerichtshofs, des Hanseatischen Oberlandesgerichts Hamburg, des Landgerichts Hamburg, der Bundesforschungsanstalt für Fischerei, der Bundesforschungsanstalt für Forst- und Holzwirtschaft, des Bundesamtes für Seeschifffahrt und Hydrographie, der Biologischen Anstalt Helgoland, des Deutschen Wetterdienstes (Seewetteramt), des Bernhard-Nocht-Instituts für Tropenmedizin, des Heinrich-Pette-Instituts für Experimentelle Virologie und Immunologie, des Deutschen Elektronen-Synchrotrons (DESY), der Gewerkschaft Nahrung-Genuss-Gaststätten sowie einer Handwerkskammer und einer Handelskammer. Ferner befinden sich in Hamburg ein Bundespolizeiamt, drei Hauptzollämter (Hamburg-Hafen, Hamburg-Jonas und Hamburg-Stadt), ein Kreiswehrersatzamt, eine Oberfinanzdirektion, ein Prüfungsamt des Bundes, ein Wasser- und Schifffahrtsamt und ein Zollfahndungsamt.
Weiterhin ist Hamburg Sitz des deutschen Büros von Greenpeace.