Ursprünglich wurde Havanna im Jahr 1515 von dem Konquistador Diego Velázquez de Cuéllar in der Nähe der heutigen Stadt Batabanó gegründet. Im Jahr 1519 wurde Havanna an den heutigen Standort verlegt. Die Stadt entwickelte sich aufgrund der überaus günstigen Lage zu einem wichtigen Handels- und Militärhafen.
Die Stadt litt sehr unter Angriffen von Piraten, die von den wertvoll beladenen spanischen Schiffen angezogen wurden: 1538 wurde sie niedergebrannt und 1553/1555 geplündert. Havanna wurde 1607 Hauptstadt der spanischen Kolonie Kuba. Großbritannien nahm 1762 während des Siebenjährigen Krieges die Stadt ein und tauschte sie im Pariser Frieden gegen Florida. Nachdem sie wieder in spanischem Besitz war, wurde sie zur am stärksten befestigten Stadt Amerikas ausgebaut.