Die Stadt beherbergt ein knappes Dutzend Universitäten und vergleichbarer weiterführender Schulen und stellt somit eines der vier von der chinesischen Regierung geförderten Zentren der Hochschulausbildung dar. Die zwei bekanntesten Hochschulen Hefeis, die Chinesische Universität für Wissenschaft und Technik (中国科技大学) und die Anhui-Universität (安徽大学), gehören zur landesweiten Elite und nehmen am 211-Projekt der Regierung teil, das zum Ziel hat, mit Hilfe spezieller Förderung rund 100 Universitäten von Weltniveau zu schaffen. Das Hefei-Institut (合肥学院) unterhält eine Kooperation mit dem Land Niedersachsen.
Darüber hinaus ging die Höhere Mittelschule Nr. 1 in Hefei 2004 eine Schulpartnerschaft mit der sächsischen Schule Johann-Gottfried-Herder-Gymnasium in Pirna ein.