Die überwiegende Mehrheit der Bevölkerung Helsinkis gehört der evangelisch-lutherischen Kirche an. Der Dom von Helsinki ist Bischofssitz des Bistums Helsinki, welches die finnischsprachigen Gläubigen der Städte Helsinki, Vantaa, und Porvoo sowie einiger umliegender Gemeinden umfasst. Die Uspenski-Kathedrale ist Sitz des finnisch-orthodoxen Bischofs für Südfinnland. Ferner ist Helsinki Sitz eines russisch-orthodoxen und eines katholischen Bischofs.
Seit dem 19. Jahrhundert sind in Helsinki muslimische Tataren ansässig, daneben sind in letzter Zeit muslimische Immigranten aus dem Nahen Osten und Somalia nach Helsinki eingewandert. Die jüdische Gemeinde Helsinki besteht seit Ende des 19. Jahrhunderts und hat rund 1300 Mitglieder. Ihre 1906 erbaute Synagoge befindet sich im Stadtteil Kamppi.