Helsinki hat neun Hochschulen und Universitäten: Die Universität Helsinki, die Technische Universität (deren Campus sich allerdings in Espoo befindet), die Handelshochschule, die Akademie für bildende Kunst, die Sibelius-Akademie, die Schwedische Handelshochschule, die Hochschule für Kunst und Design und die Theaterakademie sowie die Verteidigungshochschule der finnischen Armee. Insgesamt beherbergen diese Hochschulen rund 64.000 Studenten. Dazu kommen sechs Fachhochschulen mit 19.000 Studenten.
Die Universität Helsinki ist mit 38.000 Studenten die größte Universität Finnlands. Sie ist die Nachfolgerin der 1640 gegründeten Akademie zu Turku, die nach dem großen Stadtbrand von 1828 nach Helsinki verlegt wurde. Das klassizistische Hauptgebäude liegt am Senatsplatz und wurde von Carl Ludwig Engel entworfen. Neben dem Campus im Zentrum gibt es drei weitere Kampen in den Stadtteilen Kumpula (Mathematik und Naturwissenschaften), Viikki (Biologie und Pharmazie) und Meilahti (Medizin).
In Helsinki gibt es 215 Grundschulen und Gymnasien mit rund 71.000 Schülern. Von den Schulen sind 30 schwedischsprachig. Daneben gibt es englisch-, deutsch-, französisch- und russischsprachige Schulen.