Als die Byzantiner nach ihrer Niederlage gegen die Araber in der Entscheidungsschlacht am Jarmuk Syrien räumen mussten, fiel 637 Emesa ohne Widerstand in die Hand der Sieger. Zahlreiche Prophetengefährten ließen sich dort nieder. Durch eine starke Einwanderung von Jemeniten änderten sich die demographischen Verhältnisse nachhaltig. Im Bürgerkrieg zwischen Muawiya I. und Ali ibn Abi Talib ergriffen die Einwohner für Ali Partei.
944 wurde die Stadt von Saif ad-Daula eingenommen und kam so unter die Herrschaft der Hamdaniden von Aleppo. 969 eroberte der byzantinische Kaiser Nikephoros II. Phokas Homs, aber als die Byzantiner 973 abzogen, kehrten die Hamdaniden zurück. 995 konnten die Byzantiner unter Kaiser Basileios II. Homs erneut vorübergehend unter ihre Kontrolle bringen. In diesen Kämpfen wurden furchtbare Verwüstungen angerichtet.
Den Kreuzfahrern gelang es nie, Homs einzunehmen, vielmehr wurde die Stadt ein wichtiger Stützpunkt ihrer Gegner. Sie war vorzüglich befestigt und verfügte über ausgezeichnete Bewässerungsanlagen, wurde aber 1157 und 1170 durch Erdbeben verwüstet. 1175 eroberte Saladin die Stadt, beließ sie dann aber unter der Kontrolle einer lokalen Dynastie, der Asadis.
Im Verlauf des Mongolensturms wurde Homs 1260 von den Truppen Hülägüs eingenommen. Nach der Vertreibung der Mongolen übernahmen die Mamluken die Macht.
1516 geriet Syrien und damit auch Homs unter die Herrschaft der Osmanen. Die Stadt war seit dem Mittelalter für ihre Weberei und Seidenproduktion bekannt und ist auch in der Moderne ein Zentrum der Textilindustrie geblieben. Sie erlebte aber in der Osmanenzeit einen Niedergang; im späten 18. Jahrhundert soll sie nur noch ein Dorf von etwa 2000 Einwohnern gewesen sein.