Im August 1836, kauften John Kirby Allen und Augustus Chapman Allen, zwei Immobilienunternehmer aus New York City, 27 km² am Buffalo Bayou mit der Absicht einer Stadtgründung. Die Brüder entschieden die Stadt nach Sam Houston, dem berühmten texanischen General aus der Schlacht von Jacinto, zu benennen. 1837 wurde James S. Holman zum ersten Bürgermeister der Stadt gewählt. Im gleichen Jahr wurde Houston Sitz des Harrisburg County (jetziges Harris County und die vorübergehende Hauptstadt der Republik Texas.
1901, wurde in Spindletop nahe Houston erstmals Öl gefunden, zusammen mit einem weiteren Feld nahe Beaumont trieb es die Entwicklung der amerikanischen Ölindustrie an. 1902 gab President Theodore Roosevelt 1 Million Dollar für den Bau des ""Houston Ship Channel"" frei. President Woodrow Wilson öffnete 1914 den Hafen von Houston. Bis 1930 wuchs Houston zur bevölkerungsreichsten Stadt von Texas.