Ibadan wurde wahrscheinlich 1829 als Feldlager gegründet. Zum Ende des 19. Jahrhunderts hatte Ibadan etwa 150.000 Einwohner und war angeblich die größte Stadt in Schwarzafrika. 1893 kam Ibadan unter britische Herrschaft. Die Einführung der Kakaoproduktion durch die Briten brachte wachsenden Wohlstand. Von 1946 bis 1960 war Ibadan die Hauptstadt des britischen Protektorates Süd-Nigeria und nach der Unabhängigkeit zwei Jahre lang Hauptstadt der Western Region. Im Jahr 1959 entstand die erste nigerianische Fernsehstation in Ibadan. Die Stadt entwickelte sich auch zu einer Literaturmetropole. In jüngster Vergangenheit kam es wiederholt zu ethnischen Zusammenstößen und es gibt Berichte über Menschenrechtsverletzungen. Die hygienischen Verhältnisse sind schlecht.
Am 23. Dezember 2001 wurde Justizminister Bola Ige in seinem Haus in Ibadan erschossen, der sich gegen die Einführung der Scharia in nigerianischen Bundesstaaten und für die Demokratisierung des Landes aussprach.