Jacksonville beheimatet seit der Expansion der National Football League 1994 sein erstes Profi-Sport-Team, die Jacksonville Jaguars. Ihr Heimatstadion, das ALLTEL Stadium, war Austragungsort der Super Bowl XXXIX als Abschluss der NFL-Saison 2004/05 am 6. Februar 2005. Dadurch, dass Jacksonville relativ klein ist (nach Green Bay der zweitkleinste Heimatort eines NFL-Teams) wurden zu dieser Veranstaltung zwei Kreuzfahrtschiffe im St.-Johns-River "geparkt", um zusätzliche Übernachtungsmöglichkeiten zu schaffen. Um den Gator Bowl auf der Ebene der NCAA College-Football-Liga wird jedes Jahr in Jacksonville gespielt.
Um Jacksonville liegen einige exzellente Golfplätze, so z. B. der Tournament Players Club in Sawgrass, jährlicher Austragungsort der PLAYERS Championships. Dieses Turnier wird jeden März in Rahmen der PGA TOUR veranstaltet und ist das höchstdotierte Event dieser Tour mit 8 Millionen $ Siegprämie.
Auch hochklassiges Tennis wird jedes Jahr in der Stadt gespielt, wenn die WTA-Tour hier zur Bausch & Lomb Championships Halt macht.
Des Weiteren sind einige semiprofessionelle Teams in Jacksonville vertreten: Die Jacksonville Barracudas aus der SPHL (Eishockey), die Suns als Minor-League-Team der Los Angeles Dodgers im Baseball sowie die Jacksonville Northsiders FC im Fußball. Die National Indoor Football League wird 2007 ein Team aus Jacksonville aufnehmen.