In Johannesburg finden sich viele der größten und wichtigsten Universitäten des Landes.
University of the Witwatersrand
Die University of the Witswatersrand, kurz Wits genannt, gehört zu den renommiertesten Hochschulen des Landes und brachte bereits mehrere Nobelpreisträger hervor, wie zum Beispiel Aaron Klug mit dem Nobelpreis für Chemie im Jahr 1982, Nelson Mandela mit dem Friedensnobelpreis 1993 oder Sydney Brenner, der 2002 den Nobelpreis für Medizin erhielt. Die Universität verfügt über fünf Fakultäten.
University of Johannesburg
Die Universität von Johannesburg wurde am 1. Januar 2005 durch den Zusammenschluss der ehemals eigenständigen Universitäten Rand Afrikaans University (RAU), Technikon Witwatersrand und Vista University gegründet. Die Zusammenlegung hat zum Ziel, das Ungleichgewicht des Bildungssystems, das während der Apartheid-Zeit etabliert wurde, zu beseitigen. Nicht-weißen Studenten wurde bis zur Aufhebung der Rassentrennung der Zugang zu der qualitativ höherwertigen Bildungsinfrastruktur der weißen Studenten verwehrt.