La Paz wurde 1548 von Alonso de Mendoza als Station auf dem Handelsweg von Potosí nach Callao in Peru gegründet. Der formelle Gründungsakt für die neue Stadt wurde am 20. Oktober 1548 in der Ortschaft Laja vollzogen (ca. 25 km westlich vom heutigen La Paz), drei Tage später wurde ein Platz im Tal des Canyon des Río Chokeyapu als Standort für die neue Stadt festgelegt, da es hier Goldvorkommen gab und das Tal Schutz vor dem rauen Wetter auf der Hochebene des Altiplano bot. Ein Teil der Einwohner von Laja wurde in die neue Stadt umgesiedelt. Die neue Stadt lag verkehrsgünstig am Kreuzungspunkt des Silberweges von Potosí nach Peru und des Cocaweges aus den Yungas.
Die Bestimmung Sucres zur Hauptstadt nach der Unabhängigkeit Boliviens im Jahre 1825 schmälerte die Wichtigkeit von La Paz nicht. Am 25. Oktober 1830 wurde auf oberstes Dekret hin die Universität „Universidad Mayor de San Andrés“ (kurz: UMSA) gegründet.
1899 wurde die Stadt nach einer kurzen Revolte zum Regierungssitz bestimmt, da es als einzige größere bolivianische Stadt nicht vom wirtschaftlichen Niedergang Potosís betroffen war.