Lagos befindet sich in der tropischen Klimazone. Die Jahresdurchschnittstemperatur beträgt 26,8 Grad Celsius, die jährliche Niederschlagsmenge 1.626 Millimeter im Mittel.
Die durchschnittlichen Höchsttemperaturen liegen das ganze Jahr über zwischen 28 und 33 Grad, die Tiefsttemperaturen zwischen 21 und 23 Grad im Mittel.
Hauptregenzeit ist zwischen Mai und Oktober. Der meiste Niederschlag fällt im Juni mit durchschnittlich 336 Millimeter, der wenigste im Januar mit 40 Millimeter im Mittel.