Die Stadt ist Sitz zahlreicher Bildungseinrichtungen. Dazu gehören unter anderem die 1962 gegründete University of Lagos und die Nationalbibliothek.
Das Strukturanpassungprogramm SAP, welches in den 1970er Jahren gestartet wurde, führte zu massiven Ausgabenkürzungen im öffentlichen Bereich und somit auch im Bildungssektor. Die Eliten des Landes, darunter auch Hochschullehrer, verließen unter diesen Bedingungen vermehrt Nigeria, und besonders Lagos. Von dieser Abwanderung hat sich das Bildungswesen bis heute nicht erholt.