Von den 13 Hochschulen in Lima sind die am 12. Mai 1551 eröffnete Universität San Marcos (Universidad Nacional Mayor de San Marcos) - die älteste Südamerikas - die 1896 errichtete Universität für Ingenieurwesen (Universidad Nacional de Ingeniería) und die agrarwissenschaftliche Universität (Universidad Nacional Agraria La Molina) von 1902 die bekanntesten.
Die Universität San Marcos wurde im Dominikanerkloster von Lima auf Anweisung von Fray Thomas de San Martín gegründet, aber unter der Herrschaft des Vizekönigs Francisco de Toledo (1515-1582) den Dominikanern entzogen und weltgeistlicher Verwaltung unterstellt. Die Mönchsorden stellten weiterhin nach einem Proporzsystem die Hochschullehrer, die in den ordenseigenen Colegios dafür ausgebildet wurden. Im Jahre 2002 waren an der Universität 29.710 Studenten und weitere 3.549 postgraduierte Studenten immatrikuliert.
Die 1917 eröffnete Katholische Universität (Pontificia Universidad Católica del Perú) ist die älteste private Universität des Landes. Sie gliedert sich in zehn Fakultäten. An diesen werden circa 40 verschiedene Studiengänge angeboten. Die Fakultäten der Katholischen Universität sind:
Fakultät für Verwaltung und Buchführung (Administración y Contabilidad), Fakultät für Kunst (Arte), Fakultät für Natur und Ingenieurswissenschaften (Ciencias e Ingeniería), Fakultät für Sozialwissenschaften (Ciencias Sociales), Fakultät für Kommunikationswissenschaft (Ciencias y Artes de la Comunicación), Fakultät für Recht (Derecho), Fakultät für Bildung (Educación), Fakultät für Geisteswissenschaften und Humanwissenschaften (Letras y Ciencias Humanas), Fakultät für Architektur (Arquitectura y Urbanismo) und Fakultät für Geschäftsführung (Gestión y Alta Dirección).