Die Cortes rufen Johann als Johann IV. zum neuen König aus. Er regierte 1640-1666, sein dritter Sohn Alfons VI. wurde 1666 König, konnte aber wegen einer Behinderung das Land nicht effektiv regieren. 1666 hatte er Maria Franziska von Savoyen, Prinzessin von Nemours, geheiratet. Die Königin verliebte sich allerdings in Alfons jüngeren Bruder Peter. 1667 vertrieb Peter zusammen mit der Königin den bisherigen Kronrat und zwang den König, eine Urkunde zu unterschreiben, mit der dieser auf die Ausübung der Regierung verzichtete. Die Cortes setzten 1668 den König ab und ernannten Peter zum Regenten. Die Ehe des Königs wurde, da dieser angeblich nicht in der Lage war, sie zu vollziehen, aufgelöst, die Königin heiratete daraufhin den Prinzregenten Peter. Alfons VI. lebte bis zu seinem Tod 1683 als Gefangener in Sintra und auf den Azoren. Nach seinem Tod bestieg Prinzregent Peter als Peter II. den portugiesischen Thron. Er wurde „der Friedfertige“ (o pacífico) genannt, regierte von 1667 bis 1683 als Regent und wurde nach dem Tod des Bruders bis zu seinem Tod 1706 König].
Johann V. (Portugal) war der Sohn von König Peter II. und bestieg nach dem Tod seines Vaters 1706 den portugiesischen Thron. Unter ihm wurde in Portugal der Absolutismus eingeführt, nachdem die Johann V. wurde als fähiger Staatsmann, hoch gebildet und vielseitig interessiert, geschildert, der sich Ludwig XIV. von Frankreich zum Vorbild nahm. Unter Johann V. erlebte das Land ein „zweites goldenes Zeitalter“, von dem viele der vom König errichteten Prunkbauten heute noch künden. Er wirkte von 1706-1750. Der Thronfolger Joseph I. regiert bis 1777 . Seine Nachfolgerin [[Maria I. (Portugal)|Maria I.] regiert bis 1816. Prinzregent Johann wird in Rio de Janeiro zu ihrem Nachfolger gekrönt und regiert bis 1826 als König Johann VI. (Portugal).