Es gibt drei Tunnel unter dem Mersey hindurch nach Birkenhead, einen Bahntunnel und zwei Straßentunnels. Über den Fluss fährt die Mersey-Fähre, berühmt geworden durch den Song Ferry Cross the Mersey von Gerry and the Pacemakers; er wird jedes Mal gespielt, kurz bevor die Fähre im Hafen anlegt. 2002 benutzten 716.000 Passagiere den Hafen. Von hier aus verkehren Fährschiffe zur Isle of Man und nach Irland.
Im Jahr 2001 wurde der Flughafen Speke in Liverpool John Lennon Airport umbenannt, in Erinnerung an John Lennon, der exakt 20 Jahre zuvor ermordet worden war. Das Logo des Flughafens besteht aus einer von Lennon selbst gezeichneten Skizze und den Worten "Above us only sky" (über uns nur der Himmel), die aus dem berühmten Song "Imagine" stammen.
Liverpool besitzt ein S-Bahn-ähnliches Schienenverkehrsnetz namens Merseyrail; die Abschnitte im Stadtzentrum sind zum größten Teil unterirdisch. Die Liverpool Overhead Railway, die erste elektrische Eisenbahn der Welt, wurde 1956 geschlossen. Ebenfalls in den 1950ern verschwand das einst ausgedehnte Straßenbahnnetz; bis 2008 soll ein neues Straßenbahnsystem namens Merseytram entstehen.