Manaus wurde 1669 als kleines portugiesisches Fort mit dem Namen „Forte de São José da Barra do Rio Negro“ gegrüdet. Bereits 1542 entdeckten der Spanier Francisco de Orellana und seine Reisekameraden den Rio Negro und fuhren bis zur Mündung in den Amazonas. [1] Die Bevölkerung, die sich um das Fort herum niederließ, wuchs schnell, und 1695 wurde die erste primitive Kirche errichtet. [2] Im Jahr 1787 hatte das Fort schon 301 Einwohner, davon 243 Indianer, 47 Weiße und elf dunkelhäutige Sklaven. Manaus war nun in zwei „Stadtteile“ aufgeteilt, von denen einer die alte Kirche, das Haus des Vikars und das Haus des Kommandanten des Forts beherbergten.[3] 1791 wurde das Fort bereits Sitz des Gouverneurs, obwohl es noch lange nicht den Stadtstatus hatte. Der damalige Kommandant, Lobo d’Almada, ließ nahe dem Fort einen Palast für den Gouverneur von Grão-Pará und Rio Negro errichten. Da er allerdings vom Gouverneur D. Francisco de Souza Coutinho nicht dazu autorisiert worden war, wurde er später der Unterschlagung öffentlicher Gelder bezichtigt. 1804 wollte der Nachfolger Coutinhos d'Almada, der mittlerweile gestorben war, Gerechtigkeit zukommen lassen und verlegte den Sitz der Regierung wieder nach Manaus.[4] 1823 schloss sich das Kolonialgebiet Grão-Pará und Rio Negro dem Kaiserreich Brasilien an.[5]
Am 12. April 1832 revoltierten die Soldaten des Forts unter Führung des Soldaten Joaquim Pedro da Silva. Die Aufstände, bei denen der Kommandant des Forts, Joaquim Filipe dos Reis, ums Leben kam, waren durch das Ausbleiben der Soldzahlung hervorgerufen worden. Im Anschluss daran sandte die Provinzregierung von Pará Truppen unter der Führung von Domingos Simões da Cunha Bahiana, um den Aufstand niederzuschlagen. Obwohl sich die Verteidigung der Provinz Rio Negro mit ungefähr 1000 Mann und 30 Kanonen auf erhötem Gebiet in der Nähe des Zusammenfluss von Rio Negro und Rio Solimoes (Amazonas) verschanzte, waren die Truppen aus Pará siegreich.[6]
Im Laufe der Zeit führte die Stadt viele verschiedene Namen. Am 25. Juli 1833 wurde die Provinz Pará, zu der Manaus seit dem gescheiterten Aufstand gehörte, in drei Provinzen aufgeteilt: Grão-Pará, Alto Amazonas und Baixo Amazonas. Manaus gehörte der Provinz Alto Amazonas (Oberer Amazonas) an, wurde mit der Aufteilung zum Dorf und hieß nun zum ersten Mal Manaus. Im folgenden konnte Manaus eine eigene administrative und judikative Struktur aufbauen.[7]
Am 24. Oktober 1848, der heute als Geburtstag der Stadt gilt, erhielt Manaus per Gesetz den Stadtstatus - damals allerdings unter dem Namen „Cidade da Barra do Rio Negro“ - obwohl Manaus noch nicht viel hatte was eine Stadt ausmacht. Zum Beispiel fehlte ein öffentliches Schulsystem. Am 4. September 1856 nannte sie der Gouverneur Herculano Ferreira Pena schließlich wieder Manaus, in Anlehnung an den Indianerstamm der Manaós. Das Wort bedeutet soviel wie „Mutter Gottes“.[8]
Mit dem Beschluss des Dekrets 3749 vom 7. Dezember 1866 war es erstmals möglich, dass Reisende und Händler aller Länder den Amazonas hinauf bis Manaus befahren konnten. Dies hatte enorme soziale und wirtschaftliche Erfolge zur Folge, so dass beispielsweise auch die ersten Langstreckenlinien entstanden. Ab 1877 verkehrten beispielsweise regelmäßig Schiffe zwischen Manaus und Liverpool, ab 1881 auch zwischen Manaus und New York.[9]
Zwischen 1872 und 1883 kamen viele Arbeitssuchende nach Manaus, sowohl aus anderen Teilen Brasiliens als auch von anderen Teilen der Welt. Die Exporte von Kautschuk schnellten in der selben Zeit in die Höhe,[10] weshalb Manaus zur Zeit des Kautschukbooms reich wurde. Dadurch war Manaus um 1890 die wohl am weitesten entwickelte Stadt Brasiliens. Am 24. Mai 1884 wurde die Sklaverei in der Stadt abgeschafft.[11] Damals nannte man Manaus auch das „Paris der Tropen“, weil sie die einzige Stadt des Landes mit elektrischem Licht und einem Wasser- und Abwassersystem war. In dieser Zeit entstanden viele Gebäude wie der Justizpalast (Palácio da Justiça) oder das Theater (Teatro Amazonas), an welchen sich auch heute noch der damalige Reichtum der Stadt erahnen lässt. Die Stadt wurde zu einer kosmopolitischen Stadt, da Fremde mit den unterschiedlichsten Berufen aus der ganzen Welt nach Manaus kamen.[12] Im Zuge dieses Wohlstands wurde auch die elektrische Straßenbahn von Manaus erbaut, die am 1. August 1899 eröffnet wurde. Sie war die erste Straßenbahn Brasiliens. Eine Fahrt mit ihr war relativ günstig, weshalb viele Einwohner aller Bevölkerungsschichten sie nutzten. Die Bahn existierte bis zum 28. Februar 1957.[13]
Nach dem Verlust des Weltmonopols an Kautschuk 1910 setzte der Niedergang der Stadt ein.[14] So verfielen zum Beispiel öffentliche Gebäude aufgrund mangelnder Wartung, das Stromnetz fiel aus und die Straßenbahnlinie wurde stillgelegt. Der Gouverneuer Plínio Coêlho setzte ein Programm für Arbeit auf, das am 23. Oktober 1951 beschlossen wurde und unter anderem auch den Freihandelshafen einschloss. Am 6. Juni 1957 wurde Manaus von Präsident Juscelino Kubitschek zur Freihandelszone (Zona Franca) erklärt.[15][16] Firmen, die in Manaus produzieren, können Ihre Rohmaterialien nun nahezu zollfrei einführen, was seit den 1970er Jahren zu einem Wirtschaftsboom und einem Wiedererwachen des öffentlichen Lebens in der Stadt führte.