In Manchester gab es bis 2004 drei Universitäten, die University of Manchester (Victoria University of Manchester), die technische Universität University of Manchester Institute of Science and Technology (UMIST) sowie die Manchester Metropolitan University (MMU), die bis 1992 ein Polytechnikum war. Im Oktober 2004 fusionierte die University of Manchester mit UMIST und ist damit, unter Beibehaltung ihres bisherigen Namens, die größte Universität des Vereinigten Königreiches.
Der nördliche Ableger des Royal College of Music in London ist das Royal Northern College of Music in Manchester. Das Manchester City College ist eine weitere Weiterbildungstätte in der Stadt, und in Salford befindet sich eine weitere Universität.