Manila liegt am östlichen Ufer der Manila Bay auf 14° 35' nördlicher Breite und 120° 59' östlicher Länge.
Manila liegt in den wechselfeuchten Tropen, die Jahresdurchschnittstemperatur beträgt 26,7 °C und schwankt im Laufe des Jahres nur um knapp 4 °C. Durchschnittlich fallen in einem Jahr 2069 mm Niederschlag, fast drei Viertel davon allein in den Monaten Juni bis September, wenn Manila sich im Einflussbereich des Südwest-Monsuns befindet. Von Januar bis April herrscht ein arides, von Mai bis Dezember ein humides Klima.
Die Stadt ist von den Städten und Gemeinden der Metro-Region Manila umgeben: Navotas, Caloocan City, Malabon und Valenzuela im Norden, Quezon City und Marikina im Nordosten, San Juan, Pasig und Mandaluyong im Osten, Makati und Pateros im Südosten und Pasay, Taguig und Paranaque City im Süden. Der Pasig teilt die Stadt in zwei Teile.
Quezon City ist die größte, bevölkerungsreichste (ca. 2 Mio. Einwohner) und reichste Stadt im Großraum Metro Manila.