Weil Manila der Sitz der spanischen Kolonialverwaltung war, existieren in Manila viele katholische Kirchen, die auch unter dem Schutz der UNESCO stehen. Die wichtigsten Missionare die auf den Philippinen landeten waren die Dominikaner, Jesuiten, Franziskaner und die Augustiner. Intramuros ist der Sitz der Erzdiözese in Manila und einer der ältesten Sitze auf den Philippinen. Andere bemerkenswerte Kirchen der Stadt, ist die San Agustín Kirche in Intramuros, einer der beliebtesten Kirchen für Hochzeiten in der Stadt und dazu noch die einzige mit Klimaanlage. Interessante Kirchen sind auch die Quiapo Kirche, Binondo Kirche, Malate Kirche und die San Sebastian Kirche. Die Kirche von San Sebastian ist das einzige Kirchengebäude in Asien das vollkommen aus Stahl konstruiert wurde. Die meisten Distrikte Manilas besitzen außerdem ihr eigenes Gotteshaus mit eigenem Charme.