Manila ist Sitz von zahlreichen Universitäten. Vor allem die Bezirke von Malate, Ermita, Paco, San Miguel, Quiapo, und Sampaloc sind der Sitz der wichtigsten Universitäten des Landes. Unter ihnen befinden sich die De La Salle Universität, Centro Escolar und die Universität von Santo Tomás. Andere wichtigste Institutionen sind, Mapua Institute of Technology, eine angesehene Schule für Ingenieurwesen, San Beda College, Far Eastern University, University of the East, De La Salle University, und die stadteigene Pamantasan ng Lungsod ng Maynilad sowie das Instituto Cervantes.
Das Nationale Museum der Philippinen, in dem das Soliarium des Künstlers Juan Luna ausgestellt ist, befindet sich zusammen mit der Nationalen Bibliothek der Philippinen beim Rizal Park.