Kurfürst Ottheinrich führte mit Mandat vom 4. April 1556 die Reformation lutherischen Bekenntnisses in der Kurpfalz ein, nachdem bereits sein Vorgänger Friedrich II. zehn Jahre zuvor ernsthafte Anstrengungen in dieser Richtung unternommen hatte (erste lutherische Abendmahlsfeier in der Heidelberger Heiliggeistkirche am 18. April 1546). Unter Ottheinrichs Nachfolger Friedrich III. wechselte die Kurpfalz ab 1561 zum reformierten Bekenntnis calvinistischer Prägung (Heidelberger Katechismus 1563). Die Zeit der Mannheimer Stadtgründung fiel somit in die Phase des kurpfälzischen Reformiertentums, welches der Stadt für lange Zeit eine reformiert-protestantische Prägung verlieh.
1821 wurde im Großherzogtum Baden die Union zwischen lutherischen und reformierten Gemeinden durchgeführt. Heute gehören alle protestantischen Gemeinden, sofern sie nicht zu einer Freikirche gehören, zum Kirchenbezirk Mannheim innerhalb des Kirchenkreises Nordbaden der Evangelischen Landeskirche in Baden. Der Kirchenkreis Nordbaden hat seinen Sitz in Mannheim. 2005 wurde im Stadtteil Waldhof die erste Jugendkirche der evangelischen Landeskirche Baden eröffnet.