Die Stadt liegt an der Westseite der Maputo-Bucht, die 95 km lang und 30 km breit ist. In Maputo mündet der Fluss Tembe in den Indischen Ozean, während der Fluss Maputo im Süden der Bucht ebenfalls in den Indischen Ozean mündet.
Herausragendes Bauwerk ist die alte portugiesische Festung aus dem Jahr 1787.