Marseille liegt zwischen 0 und 646 m ü. NN (12 m ü NN am offiziellen Zentrum Noailles) hoch. Das Hinterland ist gebirgig und findet seine höchste Erhebung im 710 m hohen Croix de Garlaban. Im Nordwesten grenzt die Stadt an die Chaîne de l'Estaque, eine aus Kalkfelsen bestehende Bergkette hinter l'Estaque, die den Étang de Berre, ein großes salzhaltiges Binnengewässer in dem Muschelzucht betrieben wird, vom Meer abtrennt. Südwestlich des Étang de Berre befindet sich der für Südfrankreich bedeutende, da zentral gelegene Flughafen Marignane.