Marseille verfügt über einen umfangreichen industriellen Ballungsraum sowie den größten Hafen im Mittelmeer. Für den dadurch aufkommenden Eisenbahngüterverkehr dient der Bahnknotenpunkt mit Rangierbahnhof in der zwischen Marseille und Avignon gelegenen Kleinstadt Miramas.
Durch den 300 Km/h schnellen TGV Méditerranée ist Marseille seit Inbetriebnahme der Schnellfahrstrecke 2001 vom fast 800 Kilometer entfernten Paris nur drei Stunden entfernt. Der Zentrale Bahnhof und TGV-Haltepunkt ist St-Charles. Am Bahnhof halten auch die Shuttle-Busse zum Flughafen sowie beide Metro-Linien. Der auf einer Anhöhe, vor den damaligen Stadtmauern gebaute, zentral gelegene Kopfbahnhof ist nur wenige Gehminuten vom Stadtzentrum entfernt. Eröffnet wurde der auf dem ehemaligen mittelalterlichen Friedhof St-Charles gebaute Bahnhof am 8. Januar 1848. Mittlerweile auf 14 Gleise ausgebaut ist er ist das Verkehrszentrum der Region und Haltepunkt von wichtigen regionalen, nationalen und internationalen Zuglinien.
Die 1977 eröffnete und später mehrmals erweiterte und ausgebaute U-Bahn Marseille verfügt über zwei Linien. Die beiden Linien kreuzen sich zwei mal, an den Stationen Castellane und Gare St.Charles. Die Streckenführung ist in der Innenstadt unterirdisch, außerhalb der Stadt fahren die Bahnen oberirdisch oder als Hochbahn auf Pfeilern. Die Wagen verfügen über luftgefüllte, schienengeführte Reifen mit Stromversorgung mittels dritter Stromschiene. Vorbild war hier die Pariser Metro.
Mitte der 90er Jahre kam es in Marseille aufgrund von stark zunehmenden Straßenverkehr zu Überlegungen die aus dem Stadtbild verschwundenen Straßenbahnen wieder einzuführen. Bis dahin waren Straßenbahnen verpönt und galten als nicht zeitgemäß und umbequem, hatte man doch die seit 1876 existierenden und ehemals zahlreichen Strecken ab Mitte des 20. Jahrhunderts eine nach der anderen eingestellt. Mit neuen und modernen Wagen und erfolgreichen Beispielen aus anderen Europäischen Metropolen entschloss man sich jedoch wieder ein Straßenbahn-Netz aufzbauen. Bis zum Jahr 2007 soll die erste von drei neuen Trambahnlinien fertiggestellt sein. Die Fahrzeuge für diese Linien werden seit 2006 in Wien von Bombardier Transportation Österreich produziert. Die Inbetriebnahme der Straßenbahn erfolgt auf dem Testgleis der Wiener Linien.
Der Flughafen Aéroport Marseille Provence befindet sich 20 km nordwestlich von Marseille bei der Stadt Marignane. Er wird von zahlreichen internationalen Fluglinien bedient. Mehrere deutsche Flughäfen sind mit Direktflügen an den Aéroport Marseille Provence angebunden.
Der Fährhafen von Marseille ist eine der wichtigsten Verbingungen für Reisende in den Magreb. Mehrere Linien täglich verbinden Marseille mit den größten Fährhäfen Nordafrikas.
Unter der südlichen Altstadt führt der mautpflichtige Straßentunnel St-Laurent durch.
Mitte 2008 soll die Umgehungsstrasse im Osten Marseilles fertiggestellt sein. Die Autobahn Marseille-Lyon und Marseille-Nice werden durch einen Tunnel verbunden.