Mogadischu besitzt einen Seehafen und ist das ökonomische und finanzielle Zentrum Somalias. Die wichtigsten Industriezweige sind die Lebensmittel-, Getränke- und Textilindustrie. Auf dem größten Markt Somalias, dem Bakara-Markt, können neben diversen Alltagsgütern auch Waffen unkontrolliert gehandelt werden.
Südwestlich der Stadt liegt der während des Bürgerkrieges bis 2006 geschlossene Flughafen Mogadischu.