Naha-Te (jap. 那覇手, dt. Naha-Hand), eine dort ausgeübte Kampfkunst, wurde nach der Stadt benannt. In den Orten Naha, Tomari und Shuri entstand das Okinawa-Te, das Ursprung des heutigen Karate-Do ist.
Im Jahre 1853 landete der US-amerikanische Marineoffizier Matthew Calbraith Perry während seines erfolgreichen Feldzuges zur Öffnung Japans für den Außenhandel in Naha.
In der drei Monate dauernden Schlacht um Okinawa, der letzten Schlacht des Pazifikkrieges 1945, wurden Naha und alle anderen Orte im Süden der Insel Okinawa fast vollständig zerstört.