In Nairobi gibt es die University of Nairobi (UoN), die Kenyatta University, das Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology (JKUAT) (eröffnet 1956), ein Polytechnikum (eröffnet 1961), und mehrere Forschungsinstitute, wodurch es auch als die "Bildungshauptstadt" des Landes bezeichnet wird.
Die UoN wird vom Deutschen Akademischen Austauschdienst (DAAD) als eine der besten Universitäten Afrikas südlich der Sahara (außer Südafrika) eingestuft. Verschiede internationale Forschungseinrichtungen finden sich hier, so das renommierte International Centre for Insect Physiology and Ecology (ICIPE).