Nanjing liegt im Osten der Volksrepublik am Beginn des Jangtse-Deltas. Die Stadt erstreckt sich beiderseits des hier nach Osten abknickenden Stroms, wobei das Zentrum vollständig auf dem rechten Flussufer liegt. Wegen der enormen Breite des Jangtse befindet sich auf dem gesamten Stadtgebiet nur eine einzige Brücke, die aber zu den strategisch wichtigsten Verkehrswegen des Landes zählt. In zahlreichen Windungen mäandriert der schmale Qinhuai-Fluss durch die Stadt; daneben gibt es zahlreiche natürliche und künstliche Seen unterschiedlicher Größe. Im Osten erstreckt sich das Landschaftsschutzgebiet der relativ niedrigen Purpurberge
Nanjing liegt auf 32° 03' nördlicher Breite und 118° 47' östlicher Länge und setzt sich aus elf Stadtbezirken und zwei Kreisen zusammen:
Stadtbezirk Xuanwu (玄武区), 70 km², ca. 440.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Baixia (白下区), 25 km², ca. 450.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Qinhuai (秦淮区), 23 km², ca. 240.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Jianye (建邺区), 18 km², ca. 170.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Gulou (鼓楼区), 24 km², ca. 640.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Xiaguan (下关区), 30 km², ca. 290.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Pukou (浦口区), 894 km², ca. 480.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Luhe (六合区), 1.487 km², ca. 860.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Qixia (栖霞区), 302 km², ca. 370.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Yuhuatai (雨花台区), 148 km², ca. 180.000 Einwohner (2004);
Stadtbezirk Jiangning (江宁区), 1.602 km², ca. 760.000 Einwohner (2004);
Kreis Lishui (溧水县), 1.048 km², ca. 400.000 Einwohner (2004), Hauptort: Großgemeinde Yongyang (永阳镇);
Kreis Gaochun (高淳县), 750 km², ca. 420.000 Einwohner (2004), Hauptort: Großgemeinde Chunxi (淳溪镇).