Der Hafen von Nanjing ist der größte Binnenhafen Chinas mit einem Durchsatz von jährlich 66 Mio. Tonnen (2003). Das Hafengelände erstreckt sich über 98 km und verfügt über 64 Kais, von denen 16 Schiffe mit einer Tonnage von mehr als 10.000 Bruttoregistertonnen abfertigen können. Nanjing ist auch der größte Containerhafen am Yangzi. Mit der Eröffnung der eine Million Container fassenden Longtan Containers Port Area im März 2004 bekräftige Nanjing seinen Anspruch als führender chinesischer Flusshafen.