Französische Piraten unter Jacques Riffault trieben Handel mit dem Tupi-Volk der Potiguar im Gebiet von Natal. 1597 befahl der Gouverneur Francisco de Sousa die Vertreibung der Seeräuber. Erfolgreich durchgeführt wurde dieses Unternehmen von Manuel de Mascarenhas Homem und Jerônimo de Albuquerque Maranhão, der am 6. Januar 1598 mit dem Bau des Forte dos Reis Magos begann. Gegründet wurde die Stadt von den portugiesischen Kolonialherren am 25. Dezember 1599, sie wurde um das heute noch existierende Fort erbaut. Natal bedeutet auf portugiesisch Weihnachten, daher der Name. Holländer besetzten die Stadt zwischen 1633 und 1654 und nannten sie Neu-Amsterdam. Indigener Widerstand gegen die Sklaverei am Ende des 17. und zu Beginn des 18. Jahrhunderts manifestiert sich in der Confederação dos Cariri und wurde erst durch die Bandeirantes niedergeschlagen.