Das Stadtgebiet ist in fünf Gemeinden (Boroughs) geteilt, von denen jede einem Kreis (County) des Staates New York entspricht. Jedes Borough untersteht einem Borough President.
Manhattan (New York County) hat 1.564.798 Einwohner (Stand 1. Juli 2003) und eine Landfläche von 59,5 km². Die Gemeinde besteht hauptsächlich aus der Insel Manhattan Island, die vom Hudson River im Westen, vom East River im Osten und vom Harlem River im Nordosten umflossen wird sowie aus weiteren kleineren Inseln, darunter Roosevelt Island, Belmont Island, Governors Island und einem kleinen Stück vom Festland, Marble Hill. Marble Hill war bis zum Bau des Harlem River Ship Canal im 19. Jahrhundert noch Teil von Manhattan Island.
Brooklyn (Kings County) hat 2.472.523 Einwohner und ist damit die bevölkerungsreichste Gemeinde New Yorks. Sie liegt im Südosten der Stadt, am westlichen Ende Long Islands und hat eine Ausdehnung von 182,9 km². Die Stadt Brooklyn wurde nach der niederländischen Stadt Breukelen benannt und 1898 nach New York City eingemeindet.
Queens (Queens County) hat 2.225.486 Einwohner und ist mit einer Fläche von 282,9 km² der Größte der fünf Stadtteile von New York. Er liegt im Westen der Insel Long Island. Queens wurde am 1. November 1683 gegründet, als die Kolonie New York in Counties eingeteilt wurde. 1898 wurde der Stadtteil nach New York eingemeindet. Dort liegen auch zwei der größten Flughäfen New Yorks, der John F. Kennedy International Airport und der LaGuardia Airport.
Die Bronx (Bronx County) hat 1.363.198 Einwohner und eine Ausdehnung von 108,9 km². Die früher eigenständige Stadt ist seit dem 1. Januar 1874 die nördlichste der fünf Gemeinden von New York. Sie wurde nach Jonas Bronck, einem Auswanderer aus dem heutigen Schweden und erstem Siedler in diesem Gebiet, benannt. Darauf geht auch die Tatsache zurück, dass bei diesem Stadtteil von New York City immer der Artikel voransteht, also „The Bronx“. Zur damaligen Zeit wurde nämlich, um einen Besuch auf der Farm von Jonas Bronck anzukündigen, gesagt: „We are going to the Broncks“. Heute wird der Name zwar anders geschrieben, aber das Voranstellen des Artikels wurde beibehalten. Außerdem ist die Bronx der einzige Stadtteil New Yorks, der auf dem Festland liegt.
Staten Island (Richmond County) hat 459.737 Einwohner und eine Landfläche von 151,5 km². Sie liegt südwestlich der Insel Manhattan und westlich des auf Long Island gelegenen Stadtteils Brooklyn. Mit Brooklyn ist die Insel über die mautpflichtige Verrazano-Narrows-Brücke verbunden. Im Westen und Norden wird die Insel durch den schmalen Arthur Kill und den Kill van Kull vom Bundesstaat New Jersey getrennt. Nach New Jersey führen die Goethals Bridge, die Bayonne Bridge und die Outerbridge Crossing. Der höchste Punkt der Insel, der Todt Hill, ist auch zugleich der höchste Punkt der Stadt New York. Früher wurde der gesamte Stadtmüll nach Staten Island transportiert und gelagert, da es noch keine Verbrennungsanlagen gab. Diese Müllberge wurden später mit Erde zugeschaufelt und Verbrennungsanlagen eingeführt, doch eine Geruchsbelästigung besteht bis heute. Auch die Trümmer des World Trade Centers wurden nach Staten Island gebracht.