Im 18. Jahrhundert war New York aktiv an der Unabhängigkeitsbewegung beteiligt. 1776 war sie für kurze Zeit das Hauptquartier George Washingtons, wurde dann aber von den Briten besetzt. Letztere verließen die Stadt erst 1783, nachdem die amerikanische Unabhängigkeit auch von europäischen Staaten einschließlich Großbritannien anerkannt wurde. Im gleichen Jahr zerstörte ein Feuer große Teile New Yorks. 1785 verwüstete eine weitere Brandkatastrophe weitere Bereiche der Stadt.
Von 1788 bis 1790 war New York Hauptstadt der USA. George Washington wurde hier 1789 als erster Präsident vereidigt. In den wirtschaftlich schwierigen Zeiten nach dem Krieg gründeten Wertpapierhändler am 17. Mai 1792 die New York Stock Exchange. 1797 wurde Albany anstelle von New York zur Hauptstadt des Bundesstaates New York bestimmt und ist es bis heute geblieben.