Zu den bekannten naturwissenschaftlichen, historischen und technischen Museen in New York gehören das „American Craft Museum“, das „Brooklyn Museum“ und das „Intrepid Sea-Air-Space Museum“. Das „American Museum of Natural History“ (an der Ecke Central Park West und 79. Straße) ist eines der größten Naturkundemuseen der Welt. Auf fünf Stockwerken wird nahezu die komplette Geschichte der Menschheit abgedeckt, von der Steinzeit bis ins Weltraumzeitalter. Die Sammlung ist derart umfangreich, dass ein Tag für den Besuch des Museums kaum ausreichend ist. Über 30 Millionen Muster und Exponate hält es für seine Besucher bereit. Dazu gehören der 563 Karat schwere „Stern von Indien“, der größte jemals gefundene Saphir, ein lebensgroßer Blauwal, das 19,2 Meter lange einstämmige Zedern-Kriegskanu der Haida Indianer und viele Dinosaurierskelette, um nur eine kleine Auswahl zu nennen. Zum Komplex gehört auch das „Rose Center for Earth and Space“ mit dem „Hayden Planetarium“. Das „American Museum of Natural History“ verfügt über ein eigenes IMAX-Kino und eine eigene U-Bahn-Haltestelle. Vor dem Haupteingang in Richtung Central Park befindet sich ein Theodore-Roosevelt-Denkmal.
Zu den bekannteren Museen für Bildende Kunst und Design gehören das „Metropolitan Museum of Art“ (Exponate vom altägyptischen Tempel bis zur modernen Kunst, eröffnet 1880), das „Museum of Modern Art“ (Museum für moderne Kunst, kurz: MoMA, eröffnet 1929) und seine Außenstelle P.S.1 in Queens, die „Frick Collection“ (eröffnet 1935) und das „Whitney Museum of American Art“ (eröffnet 1966), des Weiteren das „National Museum of the American Indian“, das „Cooper-Hewitt National Design Museum“, das „American Museum of the Moving Image“, das „International Center of Photography“ und das „New Museum of Contemporary Art“. Das „MoMA“ gilt als das weltweit bedeutendste Museum für die Gegenwartskunst der westlichen Welt und wurde 2004 nach umfangreichen Erweiterungen in einem neuen Gebäude wiedereröffnet.
Der Spiralbau des „Solomon R. Guggenheim-Museum“ (1071 Fifth Ave.) wurde nach Plänen des berühmten Architekten Frank Lloyd Wright entworfen und ähnelt im Aufbau einem Schneckenhaus. Es ist Lloyd Wrights einziges Gebäude in New York, wurde im Jahre 1959 eröffnet und beherbergt eine Sammlung zeitgenössischer Malerei und Bildhauerei, darunter Klassiker von Wassily Kandinsky, Pablo Picasso und Paul Klee.
Nicht weit entfernt von Liberty Island mit der Freiheitsstatue liegt Ellis Island, einst die erste Kontrollstelle für über zwölf Millionen Einwanderer. Unter dem Namen Gibbert Island diente die Insel den Engländern als Straflager für Piraten. 1892 errichtete man dort einen Vorposten der Einwanderungsbehörde, der vor allem den gewaltigen Zustrom von Immigranten aus Süd- und Osteuropa bewältigen sollte. Als der Vorposten 1954 geschlossen wurde, stand auf der Insel, die durch Landaufschüttung vergrößert worden war, ein gewaltiger Komplex. In dem mit Türmen versehenen Zentralgebäude befindet sich heute das „Ellis Island Immigration Museum“.