Das New Yorker U-Bahn-Netz, das in weiten Streckengebieten einen 24-Stunden-Service bietet, ist eines der größten der Welt. Der erste Tunnelabschnitt wurde am 28. Oktober 1904 von der Interborough Rapid Transit (IRT) eröffnet. Rund 6.000 Wagen der U-Bahn verkehren auf 27 Linien mit 476 Bahnhöfen. Das Netz hat eine Länge von 407,2 Kilometer – davon sind 393,3 Kilometer für den öffentlichen Verkehr bestimmt. 371,1 Kilometer werden von der New York City Transit Authority (NYCTA) betrieben und 22,2 Kilometer von der Port Authority Trans-Hudson (PATH). Letztere verkehrt zwischen Manhattan und New Jersey. Die Subway befördert wochentäglich 4,5 Millionen und jährlich 1,5 Milliarden Fahrgäste. Täglich werden 7.400 Zugfahrten durchgeführt.
Für den Pendlerverkehr in Richtung Long Island ist die Long Island Railroad (LIRR) zuständig. Die Vorortszüge von New Jersey Transit transportieren Pendler von New Jersey nach New York.
Zusätzlich existiert ein gut ausgebautes Bus-Netz. In der Stadt verkehren über 4.000 Busse auf 235 Linien mit über zwei Millionen Fahrgästen an Wochentagen (jährlich 666 Millionen). Zwischen dem 8. Oktober 1921 und dem 26. Juli 1960 fuhren Trolleybusse in New York.
Am 26. November 1832 eröffnete die New York and Harlem Railroad die erste Pferdestraßenbahn der Welt in der Stadt. Ab 1893 wurde das Straßenbahnnetz teilweise elektrifiziert, das Verbot von Oberleitungen und die technisch aufwendigeren Unterleitungen sorgten dafür, dass New York einen der letzten Pferdebahnbetriebe der USA hatte. Der Großteil des Netzes wurde so schon vor 1922 eingestellt. 1956 fuhr über die Georg-Washington-Brücke die letzte Straßenbahn aus Jersey City, wo sie seit 15. April 2000 wieder verkehrt, nach Manhattan.