Zu den vielen hervorragenden Hochschuleinrichtungen zählen unter anderem die Columbia University (eröffnet 1754), die Cooper Union for the Advancement of Science and Art, die City University of New York, das Barnard College, die New York University, das 1887 eröffnete Pratt Institute, die Fordham University, die Rockefeller University, die Manhattan School of Music (eröffnet 1917) sowie das Culinary Institute of America (eröffnet 1946).
Die Columbia-Universität liegt in Morningside Heights, gleich nördlich von der Upper West Side, im Stadtteil Manhattan und gehört zu der sogenannten „Ivy League“, den Elite-Universitäten im Nordosten der USA (wie Yale, Princeton, Harvard und andere). Sie wurde 1754 als King’s College unter königlichem Erlass von König Georg II. gegründet und ist die älteste Höhere Schule im Staat New York sowie die fünftälteste des Landes. Columbia gilt als eine der angesehensten Universitäten der Welt.
Die New York University (NYU) ist eine weltbekannte Elite-Universität. Sie ist die größte private Universität der Vereinigten Staaten mit insgesamt 39.408 Studenten (Herbst 2004) – davon 20.212 im Grundstudium, 15.884 im Hauptstudium und 3.312 Doktoranden. 4.000 der Studenten kommen aus über 100 Ländern. Der Campus der Universität liegt im Greenwich Village in Manhattan. Die Universität besteht aus 14 Fakultäten und Colleges. Sie wurde am 21. April 1831 von einer Gruppe prominenter New Yorker, unter ihnen der ehemalige U.S.-Finanzminister Albert Gallatin, gegründet und ist renommiert für ihre Fakultäten der Wirtschaftswissenschaften, Volkswirtschaft, Jura, Medizin, Informatik, Mathematik, Philosophie, Politikwissenschaften und der Neurowissenschaften.
In den Rankings des U.S. News and World Report und anderen Publikationen sind die Fakultäten der Universität regelmäßig unter den Top 25 zu finden, so beispielsweise die NYU Stern School of Business die School of Law, die Robert F. Wagner School of Public Service. Die Tisch School of the Arts ist eines der berühmtesten Zentren für Musik-, Theater-, Regie- und Bühnenausbildung. Die Fakultät für Philosophie ist weithin als eine der besten des Landes bekannt. Die Aufnahme an der Universität ist, abhängig von der Fakultät, sehr selektiv. Sie wurde in Umfragen des Princeton Report unter College-Bewerbern als die „Nr. 1-Traumschule“ bezeichnet und hat 2004 und 2005 unter allen Nordamerikanischen Universitäten den größten Bewerbungsandrang bewältigt.
Zu den bedeutendsten Bibliotheken der Stadt gehören die New York Public Library mit etwa zehn Millionen Büchern und das Schomburg Center for Research in Black Culture.